Tal y como ya recoge D. Ortiz de la Azuela en 1902, la primitiva iglesia parroquial de Comillas (hoy destinada a cementerio), "se deduce que se construyó y después se amplió en fechas anteriores al siglo XI y XII", aunque lo que se conserva es mayoritariamente de estilo gótico, siglo XIII. El licenciado Julián Ortiz de la Azuela, cura párroco de la Colegiata de Santillana del Mar, describe cómo esta iglesia sufre sus principales transformaciones en el siglo XIII y la ensalza como "un monumento arqueológico que le da derecho a Comillas a proclamarse tan antigua como cualquier otro pueblo de la montaña".
De la antigua iglesia de San Cristobal de Comillas no sabemos exactamente su fundación, pero sí que era el templo principal y que la antigua localidad se desarrollaba entorno a ella.
D. Andrés Lanuza en 1881 describe el lugar del cementerio de la siguiente manera"el sitio de Las Cabañas, donde existen muchas ruinas, a poco que se cave, se encuentran paredes y aún empedrados que demuestran las antiguas calle o callejuelas, y es también de presumir por la situación del primitivo templo que sirve hoy de cementerio"
Esta iglesia se abandonó en torno al año 1600 como consecuencia de un conflicto que se desencadenó entre en Concejo de Comillas defendiendo a la población y la familia Barreda. La tradición narra que una señora del pueblo se sentó en un lugar reservado para los Duques del Infantado, y que se le obligó a desalojar el espacio. El Concejo y el pueblo en apoyo a la convecina decidieron abandonar el templo y construir uno propio sin privilegios, la actual parroquia de San Cristobal.
En el Archivo municipal de Comillas se conserva el pleito del 30 de mayo de 1617 en el que el Concejo de Comillas y el mayordomo de la fábrica parroquial se enfrentan a Andrés de Barreda y familiares de Carranceja en contra del privilegio y ostentación para el uso de un asiento en la Capilla Mayor del templo. Pero todo el asunto de pleitos y personas implicadas en este conflicto es mucho más complejo que estas simples líneas que aquí se expone, D. Antonio Sama García tiene publicado un estudio en profundidad al respecto.
En consecuencia la iglesia se abandona.
Los templos en uso siempre se emplearon como cementerios, pero es a partir del año 1787 por orden del monarca Carlos III cuando se crea un establecimiento general de cementerios, marcando las bases para terminar con las inhumaciones en el interior de los templos y centros urbanos. Será en 1884 cuando esta legislación se haga firme.
Durante todo el siglo XIX se va desarrollando esta ley y se elaboran unas normas a seguir entorno a las características morfológicas de los cementerios. En una Real Orden de 1887 se especifica que sólo intervendrán en la construcción de los cementerios arquitectos, ingenieros o maestros de obra. Esta es sin duda una de las razones que llevó al II Marqués de Comillas, D. Claudio López Brú a contar con Lluis Domènech i Montaner para la reforma y ampliación del cementerio, siendo hoy en día una de las obras más destacadas de este arquitecto catalán.
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